肠道拥有多种正常菌群，维持着肠道的正常功能，但是长期使用广谱抗生素或肾上腺皮质激素等药物，或者是消化道某些疾病诱发，都会使肠道内的真菌大量繁殖，破坏肠道正常的菌群平衡，从而使真菌寄生于肠黏膜引起肠炎。

而真菌性肠炎因为致病菌的不同分为以下几种，其临床表现也不尽相同：

1.念珠菌肠炎

是由白色念珠菌导致的，比较常见，多发于儿童，营养不良、体弱的婴儿更容易患病。主要表现为腹泻，伴有腹胀、低热，甚至呕吐，但少见腹痛。

2.曲菌肠炎

多为烟曲菌所致，往往不为单发疾病，往往继发于其他基础型病。临床表现以腹痛和血便为主，腹泻并不常见。

3.毛霉菌肠炎

一般因摄入被真菌孢子污染的食物引起，容易引起黏膜溃疡甚至穿孔，多伴有胃的感染和胃溃疡，腹痛、腹泻、呕血和黑便都会出现，营养不良的儿童或有胃肠道慢性疾病的患者尤其容易患病。

4.组织胞浆菌肠炎

具有地方流行性，发病人群特殊，吸入或摄入来自污染土壤中的孢子都会导致。起病缓慢，有发热、消化不良、腹泻、黑便、腹痛等临床表现，症状与局限性肠炎或溃疡性结肠炎类似。

5.副球孢子菌肠炎

继发于肺部感染灶或经血行播散而感染。地域性强，主要症状是腹痛，伴腹泻、呕吐。

6.地丝菌肠炎

地丝菌肠炎多见于有免疫缺陷的慢性病患者和应用免疫抑制药、抗生素或糖皮质激素者。症状有腹痛、腹泻、脓血便或黏液便，与痢疾相似。

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